Văn bản của Bộ Giao thông, do Thứ trưởng Trần Quý Tiêu ký, nêu tại hội thảo về Cảng hàng không quốc tế Long Thành do Ủy ban Kinh tế của Quốc hội tổ chức ngày 12.12.2014 tại TPHCM, ông Trần Đình Bá tham dự và xưng danh học vị tiến sĩ hàng không (Đại học Hàng không Riga). Tuy nhiên, ông Lương Hoài Nam, tiến sĩ chuyên ngành hàng không tại Đại học Hàng không Riga (Liên Xô cũ), khẳng định ông Trần Đình Bá không có học vị này và đặt nghi vấn về việc ông Trần Đình Bá mạo danh tiến sĩ.

Ông Mai Trọng Tuấn, một cựu phi công của ngành hàng không, vào ngày 24.8.2014 có gửi thư đến Bộ trưởng Giao thông cũng đã khẳng định ông Trần Đình Bá không phải là tiến sĩ.

Trao đổi với báo chí, ông Trần Đình Bá không khẳng định có học vị tiến sĩ và cho rằng, đã hiến kế cho Bộ Giao thông nhiều đề án bằng tư duy và luận án tiến sĩ nên phía Bộ không cần thắc mắc về học vị này. 
Ông Bá cho biết đã nghiên cứu tại Đại học Bách khoa Riga và Đại học Hàng không Riga (Liên xô cũ), nghiên cứu luận án tiến sĩ giải pháp mở rộng để hiện đại đường sắt tốc độ cao 150-200km/h nhằm khai thông trục giao thông quốc gia, giảm thiểu tai nạn giao thông. Tuy nhiên, Bộ Giao thông đã không áp dụng đề án này. 

Trong góp ý mới đây liên quan đến Dự án sân bay Long Thành, ông Trần Đình Bá cho rằng thiết kế của sân bay này sao chép từ Cảng hàng không Chek Lap Kok (Hồng Kông). Tuy nhiên, Bộ Giao thông khẳng định, hình ảnh minh họa về sân bay Long Thành được một số cơ quan báo chí đăng tải không phải là phối cảnh của Cảng hàng không quốc tế Long Thành trong quy hoạch đã được Thủ tướng phê duyệt; Đồng thời kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền xem xét trách nhiệm của ông Trần Đình Bá trong việc phổ biến những thông tin, hình ảnh sai sự thật.

Ông Trần Đình Bá (Hội Khoa học Kinh tế Việt Nam) từng đóng góp ý kiến về đường bay vàng Hà Nội - TP.Hồ Chí Minh,  thách cược 5 triệu USD với lãnh đạo Bộ Giao thông về dự án nâng cấp khổ đường sắt hiện tại để rút ngắn thời gian chạy tuyến Bắc - Nam.

Dự án Sân bay Long Thành theo quy hoạch được triển khai xây dựng tại huyện Long Thành, tỉnh Đồng Nai với diện tích đất thu hồi lên đến 5.000ha. Dự kiến sau khi hoàn thành giai đoạn I vào năm 2025, với số tiền 7,8 tỉ USD, sân bay này sẽ đạt công suất mỗi năm 25 triệu khách. Giai đoạn II theo kế hoạch sẽ hoàn thành vào 10 năm sau đó, nâng công suất lên gấp đôi. Trong khi theo thiết kế, công suất tối đa sau khi hoàn tất của sân bay này đạt 80-100 triệu khách mỗi năm vào sau năm 2050. Khi đó, tổng kinh phí dự kiến khoảng 18,7 tỉ USD.

Dự án đã nhiều lần được báo cáo Bộ Chính trị, Chính phủ và sẽ tiếp tục được Quốc hội xem xét trong kỳ họp đang diễn ra.